北京大学古生物形态学定量分析实践平台

项目简介

北京大学古生物形态学定量分析实践平台（以下简称：“平台”）是以古生物形态学数据处理方法为核心，以R语言为数据处理分析主要编程语言的古生物教学实验平台。基于开源软件RStudio-Server（Open Source Edition）开发了R-IDE Server云平台功能，提供丰富的数据处理教程、分析算法及实践案例，为古生物定量分析实验教学提供基础概念解析、数据定量分析演示、云端大数据处理实践及数据共享等功能，为师生开展古生物形态学定量分析的实验教学、自主学习和探索实践提供了良好的实验平台支撑。经过多年教学实践的完善，平台建设有数据处理与分析案例164个，古生物定量分析案例92个，涵盖了从数据处理入门到古生物形态学定量分析案例实践的全过程。平台包含了在线数据处理与分析系统1套、古生物数据集1套、共享软件1个（Leaf V1.0）、实验指导书1本（《古生物学数据分析（R语言版）》）、软件著作权3项。平台适用于古生物学的数据分析实验课程，同时，也用于非地质学类专业的学生进行R语言数据分析、机器学习及可视化等方面的实践训练。2019年获评北京大学本科教学改革优秀项目，2021年获得第六届全国高等学校教师自制实验教学仪器设备创新大赛二等奖。

平台首页

应用范围

平台上线以来，来自多所地质类高校、科研院所的师生注册使用。目前，已有3篇SCI论文数据通过本平台处理与分析。师生用户对平台给予了积极正面的评价，辐射效果良好。平台可作为高校古生物学、地质学类专业数据分析与可视化的实验教学平台使用，也可应用为其他需要进行数据处理课程的在线实践平台。

项目阶段

平台主要功能1、R-IDE Server云平台功能基于RStudio Server和Git软件开发，R-IDE实现了在云平台多用户协同工作，可同时调用RStudio软件进行数据分析及可视化、数据与代码同步共享、远程协助、云计算功能，实现了RStudio Server Pro数据同步、共享及多人协作功能。

基于RStudioServer（开源版）的R-IDE页面

2、基于R语言的古生物大数据分析算法结合实验教学需求，利用R语言实现了大数据分析算法在古生物数据分析中的应用，并整理为完整的实验案例教程，改善了传统古生物实验教学中使用PAST/Excel等工具的实验技术。3、古生物实验教学标准数据集建设了一套涵盖形态学、分类学、古生态学及地层学数据的古生物定量分析标准数据集，同时将线下古生物标本数字化后共享到线上平台。平台特色1、首次建设基于R语言的古生物数据实践平台。国内目前尚无公开采用R语言进行古生物学实验教学的案例。团队首次开发完成了古生物形态学定量分析实践平台，通过云平台计算功能，将R语言编辑器、原始数据、源代码、案例教程等资源和算力都部署在服务器上，师生通过平台即可完成从案例学习到数据计算、处理、可视化及返回数据分析报告的所有流程，实现了实验教学的多人协同工作。创造性的改善了传统古生物学数据分析实验手段，大幅提升了实验教学质量。2、自主研发了R-IDE Server同步共享功能。通过开源软件RStudio-Server和Git软件自主研发了R-IDE Server同步共享功能，实现了云平台中不同用户数据即时同步更新、共享协助功能，节省了大量付费软件购买费用。3、研制了一套古生物实践教学标准数据集。缺少合适的数据集是古生物数据分析实验教学的痛点，团队通过自主生产、公开文献获取、开源数据库下载等方式生成了一套覆盖面完整、格式规范的古生物形态学实践教学数据集。

知识产权

平台包含了在线数据处理与分析系统1套、古生物数据集1套、共享软件1个（Leaf V1.0）、实验指导书1本（《古生物学数据分析（R语言版）》）、软件著作权3项。

合作方式

技术许可。

联系方式

电子信箱：kjkfb@pku.edu.cn